L'IDE a vu le jour en mai 1995 à Sion (Valais), grâce à la collaboration de deux partenaires:
Après une période privilégiant l'information (1995-2000) par l'organisation de séminaires, des activités de promotion du texte de la Convention des Nations unies relative aux droits de l’enfant en français, espagnol et anglais, des colloques et cours de formation à la carte, des publications et le développement d'un réseau d'experts internationaux, l'IDE a vécu un tournant.
En 2000, la création du site internet www.childsrights.org a permis de recenser l'ensemble du patrimoine intellectuel de l'IDE dans un centre de documentation, le contenu s'adressant à un public averti: renseignements législatifs, jurisprudentiels ou bibliographiques. Le site propose des fora privés ou publics sur différentes thématiques et rencontre un grand succès en termes de visites mensuelles.
À partir de 2000, et pendant les dix années qui suivent, les activités de l'IDE ont évolué de l'information vers la formation.
L'IDE développe depuis lors une offre de formations sur mesure qui permet le montage de formations de niveau académique, en étroite collaboration avec l'IUKB jusqu'à fin 2014 puis le CIDE, le Centre interfacultaire en droits de l'enfant de l'Université de Genève (accrédite les formations et délivre les titres). De nombreuses formations à l'étranger sont aussi développées, notamment en justice juvénile, dans plus de 20 pays, mais aussi dans d'autres domaines.
De 2010 à 2018, l'IDE a également eu un ancrage à Genève par son bureau, ce qui lui a permis de réaliser des activités dans la Genève internationale.
En 2018, l'IDE a conclu un partenariat avec la Fondation Terre des hommes - Aide à l'enfance (Tdh) pour mener à bien des formations académiques et non-académiques de professionnels en droits de l'enfant dans des régions d'intervention de Tdh. L'IDE et Tdh, avec la collaboration du CIDE, produiront également des réflexions quant au développement et à l'évolution futurs des droits de l'enfant au sein d'un think thank. L'IDE consolidera et développera le volet recherche par des recherches-action sur les droits de l'enfant.
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des droits de l'enfant